Een aanvraag om een MVV of verblijfsvergunning kan worden afgewezen in verband met eerder illegaal verblijf in Nederland, maar dit geldt niet voor gezinshereniging. 

Het eerdere illegale verblijf in Nederland zorgt bij terugkeer naar het land van herkomst of het land waar de MVV wordt aangevraagd wel geregeld voor discussie met de grensautoriteiten op de luchthaven van vertrek. Het maakt daarbij geen verschil of de partner vertrekt vanuit Nederland of een ander Europees land.

Na een gesprek met de grensautoriteiten wordt er mogelijk een stempel in het paspoort geplaatst, waarna de reis alsnog kan worden vervolgd. Het stempel heeft geen gevolgen voor terugkeer naar Nederland met een MVV. Er hoeft dan ook geen nieuw paspoort te worden aangevraagd!

Sinds eind 2011 worden bij illegaal verblijf ook 'inreisverboden' uitgereikt. Zolang deze alleen verband houdt met illegaal verblijf (niet met gepleegde misdrijven; zie verderop), zal het inreisverbod niet in de weg staan aan afgifte van de MVV. Is aan de voorwaarden voor de MVV voldaan, dan wordt het inreisverbod opgeheven.

De IND kan alleen zelf een inreisverbod opheffen wanneer het inreisverbod is opgelegd door Nederland. Is het inreisverbod opgelegd door een ander land, dan kan dat ingewikkelder liggen en soms veel tijd kosten. Het is daarom aan te bevelen om na illegaal verblijf in Nederland ook vanuit Nederland te vertrekken (en dus niet via België of Duitsland wat veel mensen denken).